Haut fonctionnaire, Alexis Kohler est depuis 2017 secrétaire général de l'Élysée et le plus proche collaborateur du président de la République, Emmanuel Macron. Il a auparavant exercé certaines fonctions de représentation de l'État notamment au conseil d'administration du Grand Port maritime du Havre et de STX France, un constructeur naval dont l'État est actionnaire. Il fut également le collaborateur de deux ministres des Finances, Pierre Moscovici et Emmanuel Macron. Lorsque ce dernier a quitté le gouvernement en 2016 pour fonder son mouvement En marche, Kohler a rejoint l'entreprise Mediterranean Shipping Company (MSC), une des grandes entreprises mondiales du fret maritime, en tant que directeur financier.
Il avait déjà tenté antérieurement de rejoindre cette entreprise mais la commission de déontologie de la fonction publique s'y était opposée au motif qu'il était intervenu en 2010 auprès de STX France au sujet d'un contrat avec MSC. Pour rejoindre finalement MSC, il a bénéficié d'un avis favorable de la commission de déontologie car Emmanuel Macron s'est porté garant en attestant que Kohler n'avait jamais été amené à traiter de dossier concernant cette entreprise.
Pendant qu'il travaille pour MSC, Alexis Kohler continue à collaborer avec Emmanuel Macron alors en campagne pour les présidentielles, au point que pour certains observateurs, son contrat avec MSC relèverait d'un emploi fictif. De plus, il ne respecte pas le devoir de réserve auquel il est astreint en tant qu'ancien collaborateur du gouvernement.
En mai 2018, Mediapart révèle qu'Alexis Kohler a des liens familiaux, par sa mère, avec la société MSC et met en évidence un "conflit d'intérêt majeur", d'autant que Kohler, entre-temps devenu secrétaire général de l'Élysée, semble ne jamais avoir respecté son devoir de réserve et qu'il apparaît que les positions du gouvernement sont désormais identiques aux siennes en ce qui concerne l'entreprise.
En juin et août 2018, l'association Anticor dépose deux plaintes pour prise illégale d'intérêts, trafic d’influence et corruption passive, suivies d'une troisième en mars 2019 pour faux et usage de faux et omission substantielle de ses intérêts. L'association se constitue partie civile en décembre 2019.
En 2020, Mediapart révèle qu'Emmanuel Macron a écrit au Parquet national financier à l'été 2019 pour disculper Alexis Kohler, ce qui transgresse le principe de séparation des pouvoirs entre l'exécutif et le judiciaire. Aussitôt, le parquet ouvre une information judiciaire pour prise illégale d'intérêts, trafic d'influence et défaut de déclaration à la Haute Autorité pour la transparence de la vie publique. À la suite de cette procédure, Alexis Kohler est mis en examen le 23 septembre 2022 pour prise illégale d'intérêts et placé sous le statut de témoin assisté pour trafic d'influence.